Wniosek o stwierdzenie nadpłaty można złożyć w wypadku nieważności bezwzględnej czynności prawnej. Mamy z nią do czynienia m.in. wtedy, gdy czynność jest sprzeczna z ustawą albo ma na celu jej obejście. Stwierdzenie nieważności bezwzględnej powoduje, że podatek jest nienależny. Jak stwierdził WSA w wyroku z 10 sierpnia 2004 r. (I SA/ Łd 1869/03): "Nieważność bezwzględna polega na tym, że czynność prawna nie wywołuje skutków prawnych od samego początku, a więc zamierzona czynność w ogóle nie dochodzi do skutku - traktuje się ją, jakby nie została dokonana. Oznacza to, że w stosunku do takiej czynności w ogóle nie powstaje obowiązek podatkowy w podatku od czynności cywilnoprawnych (...) Podatek od czynności cywilnoprawnych zapłacony od bezwzględnie nieważnej czynności cywilnoprawnej - jako nienależnie zapłacony - stanowi nadpłatę w rozumieniu art. 72 § 1 pkt 1 ordynacji podatkowej, a podatnik może domagać się jej zwrotu w trybie przepisów ordynacji podatkowej o stwierdzeniu nadpłaty (art. 75 i nast.), ponieważ do nieważności bezwzględnej - inaczej niż do względnej - nie ma zastosowania instytucja zwrotu podatku od czynności cywilnoprawnej przewidziana w art. 11 ust. 1 ustawy o PCC".