Z wykształcenia ekonomista. W latach 90. znany był jako twórca wioski dziecięcej w Rajsku ośrodka dla dzieci pod opieką zastępczych matek. Lokalny biznesmen, główny właściciel i prezes spółki Maja. Firma zasłynęła rozpoczętą w 1995 r. budową centrum handlowo-usługowego koło byłego obozu, niefortunnie nazwanego w mediach supermarketem. Po protestach środowisk żydowskich władze wstrzymały budowę.

Zastrzeżenia Międzynarodowej Rady Oświęcimskiej i dyrekcji Państwowego Muzeum Auschwitz-Birkenau wzbudziła kolejna inwestycja Mai w tym miejscu: kompleks parkingowo-usługowy, częściowo w strefie ochronnej dawnego obozu. Marszałek wybudował jednak obiekt, ale jego spółka i fundacja popadły w kłopoty finansowe. Zanim w 2002 r. został prezydentem, m.in. atakował Kalmana Sultanika, przedstawiciela Światowego Kongresu Żydów, oraz prof. Władysława Bartoszewskiego za działanie "na szkodę narodu polskiego". Już jako prezydent był bardziej ostrożny w słowach, ale toczył spory z dyrekcją oświęcimskiego muzeum i z władzami m.in. przed obchodami 60. rocznicy wyzwolenia Auschwitz.

W czerwcu na zaproszenie Marszałka przyjechało do Oświęcimia na modlitwy o pokój 200 mnichów z buddyjskiej organizacji Agon Shu. Janusz Marszałek był podejmowany przez Agon Shu w Japonii, przyjął od grupy 100 tys. dolarów w gotówce na budowę kopca w Oświęcimiu. Ubiega się o reelekcję na kolejną kadencję przeszedł do II tury wyborów prezydenckich.