Pierwszej adaptacji powieści dokonał sam Brzechwa na prośbę Kazimierza Dejmka, który następnie wyreżyserował w 1963 r. sztukę "Niezwykłe przygody Pana Kleksa" w Teatrze Narodowym w Warszawie. Popularność zyskał cykl Krzysztofa Gradowskiego: "Akademia Pana Kleksa" (1984) oraz "Podróże Pana Kleksa" (1986) z Piotrem Fronczewskim w roli tytułowej. Ich sukces próbował powtórzyć "Pan Kleks w kosmosie" (1988). Krytycznie przyjęto natomiast pół animowany, pół aktorski film Gradowskiego "Tryumf Pana Kleksa" (1999).