Do końca 2006 r. powinno się ukazać nowe rozporządzenie wykonawcze do ustawy. Dotychczasowe nie mogą dłużej funkcjonować ze względu na zasadnicze zmiany, jakie przynosi ta ustawa. W nowym rozporządzeniu minister finansów ma określić zwłaszcza sposób dokumentowania zapłaty i tryb zwrotu opłaty skarbowej oraz sposób sporządzenia adnotacji potwierdzających jej zapłatę, zwolnienie od niej lub wyłączenie obowiązku zapłaty. Ustawa zobowiązuje go do uwzględniania konieczności zapewnienia sprawności postępowania podatkowego, a także kontroli zapłaty tej daniny.