Przez trzy miesiące działalność Wojskowego Instytutu Medycznego i szpitala sprawdzało Ministerstwo Obrony Narodowej, któremu podlegają. Dyrekcji wytknięto błędy w organizacji przetargów oraz niejasne zasady współpracy WIM z fundacjami działającymi w szpitalu. Wyniki kontroli są utajnione. Resort zarządził jednak zmiany personalne w szpitalu. W pełnieniu obowiązków zawieszono aż pięć osób na najwyższych stanowiskach: komendanta Centralnego Szpitala Klinicznego, dyrektora WIM ds. ogólnych, nauki i szkolenia, który był też kierownikiem Kliniki Traumatologii i Ortopedii (nadal jest prezesem Polskiego Towarzystwa Ortopedycznego i Traumatologicznego), szefów oddziału ratunkowego oraz Kliniki Chirurgii Ogólnej, Onkologicznej i Naczyniowej. Trzy z pięciu tych osób mają tytuł profesora. W instytucie wprowadzono program naprawczy: zlikwidowano część stanowisk kierowniczych, pokrewne kliniki. Powołano niezależne zespoły rozliczające koszty i kontrolujące przetargi oraz realizację i finansowanie badań klinicznych.