Protokół kontroli zawiera:

• - wskazanie kontrolowanego,
• - wskazanie osób kontrolujących,
• - określenie przedmiotu i zakresu kontroli,
• - określenie miejsca i czasu przeprowadzenia kontroli,
• - opis dokonanych ustaleń faktycznych,
• - dokumentację dotyczącą przeprowadzonych dowodów,
• - pouczenie o prawie złożenia zastrzeżeń lub wyjaśnień.

Od 1 stycznia 2007 r. kontrolowany znajdzie w nim także ocenę prawną sprawy będącej przedmiotem kontroli oraz informację o prawie złożenia korekty deklaracji.