1. Podatek tonażowy jest płatny co miesiąc w terminie do 20. dnia każdego miesiąca za miesiąc poprzedni, a za grudzień w terminie złożenia zeznania. Armator oblicza go samodzielnie (może przy tym odliczyć składki na ubezpieczenia społeczne i ubezpieczenie zdrowotne - na takich samych zasadach jak od podatku dochodowego).

2. Armator ma obowiązek prowadzić odrębny wykaz środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych związanych z działalnością objętą podatkiem tonażowym - według wzoru określonego przez ministra finansów.

3. Prowadząc oprócz działalności objętej podatkiem tonażowym także inną działalność, w księgach rachunkowych (a także w księgach podatkowych) musi wyodrębnić przychody i związane z nimi koszty przypadające na poszczególne rodzaje działalności.

4. Do 31 stycznia następnego roku armator powinien złożyć zeznanie o wysokości podatku tonażowego należnego za dany rok podatkowy.

Uwaga, przedsiębiorca opłacający podatek tonażowy nie może skorzystać ze wspólnego rozliczenia z małżonkiem.

Armator będący osobą fizyczną może obniżyć podstawę opodatkowania o składki na ubezpieczenia emerytalne, rentowe, chorobowe i wypadkowe własne oraz osób z nim współpracujących, a podatek tonażowy o składkę na ubezpieczenie zdrowotne (do wysokości 7,75 proc. podstawy wymiaru).

5. O zmianach danych zawartych w oświadczeniu o wyborze tej formy opodatkowania należy zawiadamiać naczelnika urzędu skarbowego w terminie do 20. dnia miesiąca następującego po miesiącu, w którym zaistniała zmiana.

6. Po zakończeniu działalności objętej podatkiem tonażowym w okresie opodatkowania armator powinien złożyć naczelnikowi urzędu skarbowego oświadczenie o zakończeniu działalności.