Twierdzenie organów podatkowych o obowiązku korekty VAT naliczonego, gdy dostawa środka trwałego jest zwolniona z VAT opiera się na treści art. 91 ust. 7 ustawy o VAT. Zgodnie z nim "przepisy ust. 1 - 5 stosuje się odpowiednio w przypadku, gdy podatnik miał prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o całą kwotę podatku naliczonego od wykorzystywanego przez siebie towaru lub usługi i dokonał takiego obniżenia, albo nie miał takiego prawa, a następnie zmieniło się to prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego od tego towaru lub usługi". Powołane przepisy ust. 1 - 5 mówią o zasadach korygowania VAT naliczonego przez podatnika, u którego środki trwałe służyły zarówno działalności opodatkowanej, jak i zwolnionej z VAT. Aby wnoszący aport miał obowiązek takiej korekty, należałoby uznać, że przedmiot aportu w momencie wniesienia aportu przestał służyć działalności opodatkowanej, a do końca okresu korekty (dla środków trwałych jest to 5 lub 10 lat) służy działalności zwolnionej. Nie pozwala jednak na to ust. 4 (do którego również odsyła art. 91 ust. 7). Przepis ten wyraźnie mówi, że gdy w okresie korekty nastąpi sprzedaż środka trwałego, uważa się, że nadal jest on używany na potrzeby czynności podlegających opodatkowaniu u tego podatnika, aż do końca okresu korekty.

Co prawda z ust. 6 można wyczytać, że jeśli sprzedaż środka trwałego (o której mowa w ust. 4) będzie zwolniona z VAT, do obliczenia korekty przyjmuje się, że dalsze wykorzystanie tego towaru jest związane wyłącznie z czynnościami zwolnionymi. Ale do tego akurat przepisu art. 91 ust. 7 nieodsyła. Nie może więc on mieć zastosowania w regulowanej przez art. 91 ust. 7 sytuacji.

Co ciekawe, organy podatkowe były dotąd bardzo niekonsekwentne w stosowaniu tego przepisu. Większość uważała, że art. 91 ust. 7 ma zastosowanie tylko w razie sprzedaży środka trwałego (chodzi przede wszystkim o zwolnioną z VAT sprzedaż samochodów osobowych, przy zakupie których VAT był odliczany częściowo). Natomiast w wielu interpretacjach odnoszących się do wniesienia aportem środka trwałego w ogóle pomijały istnienie tego przepisu. Twierdziły - powołując się na zasadę neutralności VAT - że korekta nie jest konieczna. Takie stanowisko zajęła np. Izba Skarbowa w Białymstoku w piśmie z 30 października 2006 r. (PPII/4430-586/ICh/06): "Zasada potrącalności podatku naliczonego wynikająca z zasady neutralności VAT powinna być pojmowana jak najszerzej i znajdować zastosowanie także w odniesieniu do podatku naliczonego przy nabyciu środków trwałych, dokonanym z zamiarem wykorzystania ich w ramach działalności opodatkowanej. Również wtedy, gdy środki trwałe zostaną następnie wniesione aportem do spółki cywilnej. Wniesienie aportem środków trwałych do spółki cywilnej nie może zatem powodować obowiązku dokonania korekty uprzednio odliczonego podatku naliczonego. Warunkiem jest jednak, by środki te służyły sprzedaży opodatkowanej". Zaskarżona do sądu interpretacja była więc w tym względzie wyjątkiem. Sąd w omawianym wyroku zrównał aport ze sprzedażą, ale stwierdził, że w żadnym z tych przypadków art. 91 ust. 7 nakładający obowiązek korekty nie ma zastosowania.