Po skandalach homoseksualnych i pedofilskich w USA i Irlandii Watykan zastrzegł sobie rozpatrywanie tych spraw jako szczególnie ciężkich. Zdecydował o tym Jan Paweł II.

W maju 2001 r. podpisał specjalny dokument, który określa procedury postępowania z duchownymi oskarżanymi o nadużycia seksualne. Każda sprawa duchownego, który dopuści się takich czynów (homoi heteroseksualnych) wobec nieletnich poniżej 18. roku życia, ma być przekazana do Kongregacji Nauki Wiary. Dokument Watykanu nakazuje, aby biskup, który dowie się choćby o prawdopodobieństwie takiego czynu, po przeprowadzeniu wstępnego dochodzenia sprawę przekazał do Watykanu. Proces duchownego będzie się mógł toczyć przed trybunałem diecezjalnym, ale i wtedy drugą i ostateczną instancją jest watykańska kongregacja. Orzeczenia sądu kościelnego nie mają wpływu na proces cywilny. W tym karalne są kontakty seksualne z dziećmi poniżej 15. roku życia. W prawie kanonicznym próg jest podniesiony do 18 lat. 29 listopada 2005 r. Watykan ogłosił instrukcję dotyczącą przyjmowania do seminariów i dopuszczania do święceń osób z tendencjami homoseksualnymi. Wyraźnie mówi ona, że nie można dopuszczać do seminarium ani do święceń osób, które praktykują homoseksualizm czy wykazują głęboko zakorzenione tendencje homoseksualne. Nie wyklucza się natomiast przyjęcia do seminariów osób, które wykazują tendencje homoseksualne wskutek niezakończonego jeszcze procesu dorastania. Takie tendencje muszą ustać - określa dokument - przynajmniej trzy lata przed święceniami diakonatu.