Zasady korekty podatku naliczonego w razie wniesienia aportem przedsiębiorstwa (lub zakładu/oddziału samodzielnie sporządzającego bilans) zawarte są w art. 91 ust. 9 ustawy o VAT. Mówi on, że w takiej sytuacji korekta określona w art. 91 ust. 1 - 8 ustawy dokonywana jest przez nabywcę.

Jeżeli zatem zbywca przedsiębiorstwa zobowiązany był do odliczania VAT naliczonego za pomocą proporcji, nabywca przedsiębiorstwa, o ile nie zmieni profilu działalności, będzie zobowiązany do kontynuacji rozliczeń z zastosowaniem proporcji. Będzie musiał skorygować podatek naliczony także wówczas, gdy zmienił się profil działalności przedsiębiorstwa i po aporcie składniki majątkowe zostaną wykorzystane do wykonywania czynności zwolnionych, podczas gdy przed aportem służyły do wykonywania czynności opodatkowanych. Zasady korekty VAT naliczonego przez nabywcę przedsiębiorstwa są więc odbiciem zasad dotyczących korekty VAT naliczonego przez zbywcę. Wynika to z przyjęcia wyrażonej w dyrektywie reguły, że nabywca przedsiębiorstwa traktowany jest w zakresie odliczeń jak następca prawny zbywcy.

Przepisy ustawy nie dają natomiast podstawy do nałożenia obowiązku korekty na podatnika wnoszącego aport. Zatem gdy nabywca, podobnie jak zbywca, wykonywać będzie wyłącznie czynności opodatkowane, obowiązek korekty podatku naliczonego nie wystąpi, nawet gdy w skład aportowanego przedsiębiorstwa wchodzą środki trwałe nie starsze niż 5 lat, bądź w przypadku nieruchomości 10 lat oraz materiały handlowe.