Likwidacja spółki cywilnej wiąże się też z niekorzystnymi konsekwencjami w podatku VAT. Otóż wspólnicy muszą w ciągu 14 dni sporządzić spis z natury (remanent), ujmując w nim wszystkie towary - w tym środki trwale, które po nabyciu nie zostały odprzedane. Od ich wartości - ustalonej na podstawie cen zakupu/kosztu wytworzenia - powinni naliczyć VAT (według stawki właściwej dla danego towaru). Nie ma tu znaczenia, że nadal będą one wykorzystywane w działalności gospodarczej - w nowej spółce zawiązanej przez jednego z byłych wspólników i nową osobę.

Obowiązki z tym związane reguluje art. 14 ustawy o VAT. Art. 14 ust. 7 ustawy o VAT mówi, że dostawa towarów wcześniej ujętych w remanencie dokonywana przez byłych wspólników jest zwolniona z podatku w okresie 12 miesięcy od dnia sporządzenia spisu z natury, pod warunkiem rozliczenia od nich VAT. Ale przepis ten nie będzie miał zastosowania w opisanej sytuacji, bo dostawy tych towarów będzie dokonywać nowa spółka cywilna (odrębny podatnik VAT), a nie byli wspólnicy. Przystąpienie nowego wspólnika do spółki dwuosobowej nie rodzi takich skutków. Także wystąpienie wspólnika ze spółki trzyosobowej jest zdarzeniem obojętnym dla rozliczenia podatku VAT.