Zmiany nowelizacji rządowej (po poprawkach podkomisji) 
WEDŁUG PROJEKTUWEDŁUG OBECNEJ USTAWY
Likwidacja 30-proc. sankcji finansowej 30-proc. sankcja za zaniżenie zobowiązania podatkowego lub zawyżenie kwoty do zwrotu
Likwidacja od 1 stycznia 2008 r. 7-proc. stawki na usługi budowlane (nie dotyczy budownictwa społecznego) 7-proc. VAT na usługi budowlane tylko do 31 grudnia 2007 r.
Prawo do odliczenia VAT w ciągu roku od momentu powstania obowiązku podatkowego Prawo do odliczenia VAT w miesiącu otrzymania faktury lub następnym
Zastąpienie kaucji zabezpieczeniem o wartości uzależnionej od kwoty żądanego zwrotu 250 tys. zł kaucji dla rozpoczynających działalność lub prowadzących ją krócej niż rok, a zamierzających handlować z Unią
Podstawowy termin zwrotu VAT - 50 dni Podstawowy termin zwrotu VAT - 60 dni
Składy konsygnacyjne umożliwiające płacenie VAT w momencie wyprowadzania ich ze składu, a nie przywozu do Polski Brak składów konsygnacyjnych
Możliwość rozliczania VAT od importu jedynie w deklaracji (bez konieczności wpłacania go do urzędu skarbowego) Obowiązek płacenia do urzędu skarbowego VAT od importu i dopiero potem możliwość ubiegania się o zwrot
Rozliczenia kwartalne dostępne dla wszystkich podatników Jako podstawowa zasada - rozliczenia miesięczne
Ryczałt podatkowy dla firm o małych obrotach (np. budowlanych, krawieckich) Brak ryczałtu podatkowego dla wskazanych w noweli grup podatników
Odliczenie VAT dla kupujących kasy fiskalne - do 90 proc. wartości kasy, ale nie więcej niż 700 zł Odliczenie VAT dla kupujących kasy fiskalne do 50 proc. wartości kasy, ale nie więcej niż 2,5 tys. zł.
Wartość rynkowa z chwili przekazania towaru jako podstawa opodatkowania darowizn Koszt wytworzenia albo cena nabycia towaru jako podstawa opodatkowania darowizn
Likwidacja wielu szczególnych momentów powstania obowiązku podatkowego Liczne szczególne momenty powstania obowiązku podatkowego