Kwalifikowanie wydatków na przykładzie  
Przedsiębiorstwo planuje nową inwestycję, dzięki której zacznie wytwarzać nowe produkty w oparciu o technologię znaną i stosowaną w Polsce krócej niż rok. W tym celu kupuje nowe maszyny do produkcji i licencję na produkcję nowych wyrobów. Jednocześnie stara się o uzyskanie certyfikatów jakości. Koszt zakupu nowych maszyn to 200 000 zł. Koszt uzyskania certyfikatów - 100 000 zł. W celu zainstalowania maszyn firma musi powiększyć swój zakład, co wiąże się z zakupem sąsiedniej działki i potrzebą wykonania prac budowlanych. Zakup działki to koszt 300 000 zł, natomiast koszt prac budowlanych wynosi 75 000 zł. Właściciel firmy postanawia również kupić zwykły samochód służbowy w celu umożliwienia szybszego kontaktu pracowników z klientami. Koszt zakupu to 60 000 zł. Ponadto przy okazji rozwoju firmy prezes postanowił kupić nowe meble o wartości 20 000 zł do swojego gabinetu. Przygotowując wniosek, należy rozdzielić koszty kwalifikowane i niekwalifikowane. W tym przypadku wygląda to następująco:
Koszt   Wartość netto w zł   Wartość brutto w zł  
Zakup maszyn   200 000   266 400  
Uzyskanie certyfikatu   100 000   122 000  
Zakup licencji   25 000   30 500  
Zakup działki   300 000   366 000  
Prace budowlane   75 000   91 500  
Zakup samochodu   60 000   73 200  
Zakup nowych mebli   20 000   24 400  
Suma   780 000   951 600  
Wydatki kwalifikowane   444 400    
Refundacja ze środków unijnych - dla mikro i małych przedsiębiorstw może wynieść od 50 do 70 proc. Zakładając, że poziom refundacji wynosi 60 proc., zwrot może wynieść:   266 400    
Zatem koszt całej inwestycji to 951 600 zł. Jednak za koszty kwalifikowane zostanie uznane tylko 444 400 zł (koszt samochodu - który nie jest pojazdem specjalistycznym nie będzie kosztem kwalifikowanym, podobnie jak podatek VAT, o ile może on zostać w jakikolwiek sposób odzyskany. Tylko w momencie, jeżeli firma nie ma żadnych prawnych możliwości - zgodnie z ustawą o podatku VAT - na jego odzyskanie, może on stanowić wydatek kwalifikowany. Ponadto zakup nieruchomości może być sfinansowany do wysokości 10 proc. całości wydatków kwalifikowanych. Zakup nowych mebli nie będzie stanowić kosztów refundowanych. Nie jest to zakup pozwalający na rozwój firmy i nie wiąże się bezpośrednio z realizowanym projektem). Jeżeli w danym województwie refundacji podlega na przykład 60 proc. wydatków kwalifikowanych, oznacza to, że przedsiębiorca będzie mógł się ubiegać o zwrot kwoty 266 400 zł.