To, czy podatnik skorzysta z skonta, czy nie, zależy od jego woli. Aby jednak mógł on uwzględnić jako podstawę opodatkowania kwotę obniżoną o skonto, organy podatkowe na ogół wymagają, by wcześniej spełnił warunki do otrzymania tego skonta.

Z pisma Opolskiego Urzędu Skarbowego z 9 marca 2006 r. (PP/443-172-1-GK/05/06) wynika, że wystarczy, gdy je spełni przed złożeniem deklaracji za okres, w którym powstał obowiązek podatkowy z tytułu WNT. Podobnego zdania był Urząd Skarbowy Łódź-Polesie (pismo z 12 czerwca 2006 r., USIII/443/VAT/329/44/2006ZK).

Urząd dodał, że gdy podatnik nabędzie uprawnienie do zastosowania skonta już po złożeniu deklaracji za okres, w którym powstał obowiązek podatkowy w WNT, powinien wystawić korektę faktury wewnętrznej i rozliczyć rabat w rozliczeniu za okres, w którym ją wystawił. Przy korygowaniu obrotu powinien zastosować ten sam kurs przeliczeniowy, który wcześniej przyjął do rozliczenia faktury wewnętrznej. Ustalając, w jakim okresie pomniejszyć obrót o przyznane skonto, bezpieczniej jednak kierować się nie datą wystawienia wewnętrznej faktury korygującej, a datą nabycia prawa do skonta. Potwierdzają to wyjaśnienia Świętokrzyskiego Urzędu Skarbowego w Kielcach (pismo z 30 marca 2005 r., RO/443/48/2005): "o przesłankach zastosowania skonta można mówić dopiero po dokonaniu zapłaty przez nabywcę w ściśle określonym terminie wykazanym na fakturze. W takim wypadku obrót z tytułu wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów należyzmniejszyć w miesiącu dokonania płatności uprawniającej do skonta i rozliczyć w miesiącu udzielenia skonta".

Również w decyzji Izby Skarbowej we Wrocławiu (z 11 grudnia 2006 r., PP II 443/1240/06) czytamy: "uwzględnienie rabatu powinno następować w rozliczeniu za okres, w którym rabat ten został udzielony. Moment wystawienia wewnętrznej faktury korygującej nie warunkuje okresu, w rozliczeniu za który rabat powinien zostać ujęty. (...) W przypadku gdyby z jakichkolwiek powodów wewnętrzna faktura korygująca została wystawiona w miesiącu innym niż miesiąc udzielenia rabatu - nie powinna ona być ujmowana w rozliczeniu za okres jej wystawienia, lecz w rozliczeniu za okres, w którym udzielono rabatu".

Dodajmy, że do wystawienia wewnętrznej faktury korygującej nie jest potrzebne wystawienie przez kontrahenta dodatkowych dokumentów potwierdzających udzielenie rabatu. Tak wynika z pisma Świętokrzyskiego Urzędu Skarbowego w Kielcach z 30 stycznia br. (RO/443-72/06): "do wystawionej wcześniej faktury wewnętrznej podatnik wystawia fakturę korygującą niezależnie od tego, czy kontrahent wystawi notę uznaniową, czy też nie". Podobny pogląd wyraził Drugi Urząd Skarbowy w Częstochowie w piśmie z 18 stycznia br. (DUS-PP/443/70/2006/PS): "wystawienie faktury korygującej przez dostawcę nie jest konieczne do skorygowania podstawy opodatkowania WNT, jeżeli na podstawie innych dokumentów - np. skonta wynikającego z faktury pierwotnej, wynika prawo podatnika do obniżenia podstawy opodatkowania".