Podejmując decyzję o sposobie rozliczenia z VAT, trzeba też wziąć pod uwagę możliwość rezygnacji z wybranej przez siebie metody, kiedy okaże się, że jest ona z jakichś względów nieodpowiednia.

Najłatwiej zrezygnować z zasad ogólnych i przejść na rozliczenie kasowe lub kwartalne. W pierwszym przypadku można to zrobić do końca miesiąca poprzedzającego okres, za który chcemy stosować metodę kasową. Ale zrezygnować z niej można dopiero po 12 miesiącach rozliczania się w ten sposób, po uprzednim zawiadomieniu urzędu skarbowego (na druku VAT-R) w terminie do końca kwartału, w którym była ona stosowana.

Rozliczenie kwartalne (bez metody kasowej) wybieramy, powiadamiając o tym urząd do końca kwartału poprzedzającego kwartał, za który będzie pierwszy raz składana kwartalna deklaracja podatkowa. Rezygnacja z kwartalnego rozliczenia jest możliwa dopiero po upływie czterech kwartałów, pod warunkiem że urząd skarbowy zostanie o niej powiadomiony na piśmie (wystarczy aktualizacja zgłoszenia VAT-R) w terminie do ostatniego dnia kwartału, za który składana jest ostatnia kwartalna deklaracja. Uwaga, prawo do kasowego i kwartalnego rozliczenia tracimy, gdy przestajemy być tzw. małym podatnikiem, czyli gdy wartość sprzedaży za poprzedni rok przekroczy równowartość 800 tys. euro (dla niektórych podatników - m.in. agentów, zleceniobiorców - osiągających wynagrodzenie prowizyjne limit jest niższy i wynosi 30 tys. euro).