Zgodnie z art. 2 ust. 4 ustawy o PCC dana czynność nie podlega temu podatkowi, jeśli co najmniej jedna ze stron z tytułu dokonania tej czynności jest:

¦ opodatkowana VAT lub

¦ zwolniona z opodatkowania VAT, z wyjątkiem:

- umów sprzedaży i zamiany, których przedmiotem jest nieruchomość lub jej część albo prawo użytkowania wieczystego, spółdzielcze własnościowe prawo do lokalu, prawo do domu jednorodzinnego w spółdzielni mieszkaniowej lub prawo do miejsca postojowego w garażu wielostanowiskowym albo udział w tych prawach,

- umowy spółki i jej zmiany,

- umowy sprzedaży udziałów i akcji w spółkach handlowych. Dla PCC nie ma znaczenia, czy dany podmiot jest zarejestrowany jako podatnik VAT. Przyjmuje się, że transakcje podlegają VAT, o ile są dokonane przez podmiot zarejestrowany na potrzeby tego podatku, działający jednocześnie w charakterze podatnika VAT. Aby stwierdzić, czy z tytułu danej czynności podmiot działa jako podatnik VAT, należy ustalić, czy czynność ta mieści się w przedmiocie jego działalności gospodarczej, ewentualnie czy może być uznana za bezpośrednie, stałe i konieczne uzupełnienie takiej działalności. Zgodnie z art. 15 ust. 2 ustawy o VAT za działalność gospodarczą uznaje się wszelką działalność, m.in. producentów, handlowców i usługodawców, również wówczas, gdy czynność została wykonana jednorazowo w sposób wskazujący na zamiar wykonywania czynności w sposób częstotliwy. Działalność gospodarcza obejmuje również czynności polegające na wykorzystywaniu towarów lub wartości niematerialnych i prawnych w sposób ciągły dla celów zarobkowych. Decydujące dla stwierdzenia, czy dana czynność podlega VAT, jest zatem rozstrzygnięcie, czy jest wykonywana z "zamiarem wykonywania w sposób częstotliwy". To pojęcie jest różnie rozumiane przez organy podatkowe. Część urzędów uważa wszelkie czynności wykonane przez podatnika VAT za podlegające temu podatkowi, niezależnie od tego, czy zostają one wykonane w ramach podstawowej działalności, czy też są świadczone incydentalnie. Inne urzędy twierdzą natomiast, że sporadycznie wykonywane transakcje, niewymienione jako przedmiot działalności spółki, nie podlegają VAT.

Reasumując, opodatkowania PCCmożna uniknąć w przypadku transakcji, w których dany podmiot występuje jako podatnik VAT - np. przy umowach sprzedaży i zakupu wierzytelności przez podmioty świadczące usługi faktoringu.